ต่อมาได้ติดต่อขอบริจาคที่ดินเพื่อก่อสร้างโรงเรียน โดยมีนายทองคำ ผักไหม กำนันตำบลผักไหมในขระนั้นเป็นผู้ประสานงานขอรับบริจาค และนายเนียน ผักไหม ได้บริจาคที่ดินบ้านหาด หมู่ที่ ๕ ตำบลผักไหม ให้จำนวน ๑๔ ไร่ ๒ งาน ซึ่งโรงเรียนได้ก่อสร้างอาคารเรียนชั่วคราว จำนวน ๒ ห้องเรียน ขนาดกว้าง ๗ เมตร ยาว ๙ เมตร บนที่ดินแปลงดังกล่าว โดยได้รับเงินสนับสนุนเป็นเงินจำนวน ๑๐,๐๐๐ บาท (หนึ่งหมื่นบาทถ้วน) พร้อมสังกะสีและวัสดุอุปกรณ์อื่นๆ จากราษฏรทุกหมู่บ้านในตำบลผักไหม จนก่อสร้างแล้วเสร็จ ในขณะเดียวกันโรงเรียนได้พยายามขอรับบริจาคที่ดินเพิ่มเติมให้ได้ครบจำนวน ๒๕ ไร่ ตามที่กรมสามัญศึกษากำหนด เพื่อก่อตั้งเป็นโรงเรียนเอกเทศ แต่ไม่สามารถหาบริจาคได้ครบตามจำนวนที่กำหนด
              หลังจากนั้น นายไพฑูรย์ พวงยอด กับนายจูม มังษะชาติได้หารือกันเพื่อขอรับบริจาคที่ดินแห่งใหม่ให้ได้ครบจำนวน ๒๕ ไร่ และได้ไปติดต่อขอรับบริจาคที่ดินกับผู้มีจิตศรัทธารายอื่นๆ จนกระทั้งได้มีผู้มีจิตศรัทธาบริจาคที่ดินเพื่อก่อสร้างโรงเรียนแห่งใหม่ ซึ่งตั้งอยู่ที่หมู่ที่ ๑๕ บ้านไพรพะเนาว์ ตำบลผักไหม ที่เป็นที่ตั้งของโรงเรียนในปัจจุบัน จำนวน ๔ คน ได้แก่ นายคำดี ผักไหม จำนวน ๘ ไร่ นายสำลี ผักไหม จำนวน ๑๐ ไร่ นายบอน สมบัติวงศ์ จำนวน ๖ ไร่ และนางสุข สมบัติวงศ์(ตาทอง) จำนวน ๑ ไร่ ๓ งาน ๒๓ ตารางวา และโรงเรียนได้ขอจดทะเบียนโอนเป็นที่ราชพัสดุ เมื่อวันที่ ๓๑ สิงหาคม ๒๕๓๗ ณ สำนักงานที่ดินอำเภออุทุมพรพิสัย
             ในปีพ.ศ.๒๕๓๕ โรงเรียนได้ย้ายจากบ้านหาด หมู่ที่ ๕ มาตั้งที่ที่ดินแปลงใหม่ที่ได้รับบริจาคที่บ้านไพรพะเนาว์ หมู่ที่ ๑๕ ตำบลผักไหม และได้พัฒนาปรับสภาพที่ดินซึ่งเดิมมีสภาพเป็นป่ารก โดยได้รับการช่วยเหลือและสนับสนุนจากนายตุ่น ตรีวัฒนาประภา กำนันตำบลหมื่นศรี อำเภอสำโรงทาบ จังหวัดสุรินทร์ ด้วยการนำรถไถนาบุกเบิกปรับสภาพพื้นที่ คิดเป็นมูลค่า ๓๕,๐๐๐ บาท (สามหมื่นห้าพันบาท) โดยไม่คิดมูลค่าแต่อย่างใด และต่อมาโรงเรียนได้ก่อสร้างอาคารเรียนชั่วคราว ขนาด ๔ ห้องเรียน กว้าง ๗ เมตร ยาว ๒๗ เมตร โดยได้รับการช่วยเหลือสนับสนุนจากราษฏรทุกหมู่บ้านในตำบลผักไหม จนแล้วเสร็จ
             ในวันที่ ๑๓ กุมภาพันธ์ ๒๕๓๘ กระทรวงศึกษาธิการประกาศตั้งโรงเรียนผักไหมวิทยานุกูลเป็นโรงเรียนเอกเทศ มีนายทรงชาย ศรีบูรณ์ เป็นครูใหญ่คนแรก ต่อมาวันที่ ๘ กันยายน ๒๕๓๘ กรมสามัญศึกษาได้แต่งตั้งนายไพฑูรย์ พวงยอดเป็นครูใหญ่คนต่อมา และในปีเดียวกันกรมสามัญศึกษาได้จัดสรรงบประมาณ จำนวน ๑๒ ล้านบาท เพื่อก่อสร้างอาคารเรียนแบบ กขค และอาคารประกอบได้แก่
            บ้านพักครู แบบ ๒๐๕/๒๖ จำนวน ๑ หลัง บ้านพักภารโรง ๑ หลัง ส้วม ๖ ที่/๒๗ จำนวน ๑ หลัง สนามบาสเกตบอล ๑ แห่ง รั้วยาว ๑๐๐ เมตร เสาธง ๑ ที่ ถังน้ำฝนแบบ ฝ.๓๓ จำนวน ๑ ชุด
            ปี ๒๕๓๙ ได้รับงบประมาณสร้างบ้านพักครู แบบ ๒๐๕/๒๖ จำนวน ๑ หลัง ส้วม ๖ ที่/๒๗ จำนวน ๑ หลัง และถังน้ำฝนแบบ ฝ.๓๓ จำนวน ๑ ชุด
            ปี ๒๕๔๒ ได้รับงบประมาณสร้างอาคารเรียนกึ่งถาวร ๑ หลัง โรงอาหารหอประชุมแบบ
๑๐๐/๒๗ จำนวน ๑ หลัง และส้วม ๖ ที่/๒๗ จำนวน ๑ หลัง
            ระดับชั้นและหลักสูตรที่เปิดสอน โรงเรียนได้เปิดสอนครั้งแรกระดับชั้นมัธยมศึกษาตอนต้น (ม.๑) เมื่อปีการศึกษา ๒๕๓๔ และเปิดสอนชั้นมัธยมศึกษาตอนปลาย เมื่อปีการศึกษา ๒๕๔๐
           ปัจจุบันโรงเรียนผักไหมวิทยานุกูล สังกัดสำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาศรีสะเกษเขต ๒ สำนักงานคณะกรรมการศึกษาขั้นพื้นฐาน กระทรวงศึกษาธิการ เปิดสอนในระดับช่วงชั้นที่ ๓ และระดับช่วงชั้นที่ ๔ (ระดับมัธยมศึกษาตอนต้นและระดับมัธยมศึกษาตอนปลาย) โดยใช้หลักสูตรการศึกษาขั้นพื้นฐาน พุทธศักราช ๒๕๔๔
            ต่อมาวันที่ ๑ ตุลาคม ๒๕๔๗ สำนักงานคณะกรรมการศึกษาขั้นพื้นฐาน ได้มีคำสั่งย้ายและแต่งตั้ง นายไพฑูรย์ พวงยอด ผู้อำนวยการโรงเรียนผักไหมวิทยานุกูล ไปดำรงตำแหน่งผู้อำนวยการโรงเรียนห้วยทับทันวิทยาคม อำเภอห้วยทับทัน จังหวัดศรีสะเกษ และได้มีคำสั่งย้ายและแต่งตั้ง
           นายสุรพล ชาลีกุล เจ้าหน้าที่การบริหารการศึกษา ๘ ศึกษาธิการ อำเภอกันทรารมย์ สำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาศรีสะเกษเขต ๑ มาดำรงตำแหน่งผู้อำนวยการโรงเรียนผักไหมวิทยานุกูลแทน และได้เดินทางมาปฏิบัติหน้าที่ตั้งแต่วันที่ ๑๖ ธันวาคม ๒๕๔๗ จนถึงวันที่ ๑๖ มกราคม ๒๕๕๔
          วันที่ ๓๐ ธันวาคม ๒๕๕๓ สำนักงานคณะกรรมการศึกษาขั้นพื้นฐาน ได้มีคำสั่งย้ายและแต่งตั้ง นายสุรพล ชาลีกุล ผู้อำนวยการโรงเรียนผักไหมวิทยานุกูล ไปดำรงตำแหน่งผู้อำนวยการโรงเรียน           บึงบูรพ์ อำเภอบึงบูรพ์ จังหวัดศรีสะเกษ และได้มีคำสั่งย้ายและแต่งตั้ง นายจำเนียร ราษเจริญ ผู้อำนวยการโรงเรียนหนองคูวิทยา อำเภอปรางค์กู่ จังหวัดศรีสะเกษ มาดำรงตำแหน่งผู้อำนวยการโรงเรียนผักไหมวิทยานุกูลแทน และได้เดินทางมาปฏิบัติหน้าที่ตั้งแต่วันที่ ๑๗ มกราคม ๒๕๕๔ จนถึงวันที่           ๒๓ พฤศจิกายน ๒๕๕๘